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同族会社の判定と別表二の書き方 — 上位3株主グループの50%超、特定同族会社の留保金課税(別表三(一))

最終更新: 2026/11/12 / 執筆: ISZ.AI会計DX事業局
この記事のポイント

この記事は、法人税の同族会社の判定と、その明細書である別表二「同族会社等の判定に関する明細書」の書き方、資本金1億円超の会社や大法人の完全子会社などにかかる特定同族会社の留保金課税(法人税法67条・別表三(一))をまとめたものです。2026年11月12日時点の制度で、欄の番号は国税庁の令和8年4月1日以後終了事業年度分の様式によります。条文は e-Gov 法令検索の現行の法人税法・同施行令、取扱いは国税庁の法人税基本通達、別表二・別表三(一)の様式と記載の仕方、「法人税申告書の作成上の留意点(令和7年版)」で確かめています。別表二は申告書の中で最初のほうに作る明細書で、全体の順番は 法人税申告書の作成の順番で解説しています。

同族会社とは:上位3株主グループで50%超

同族会社の定義は法人税法2条10号にあります。

会社(投資法人を含む。以下この号において同じ。)の株主等(その会社が自己の株式(中略)又は出資を有する場合のその会社を除く。)の三人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人がその会社の発行済株式又は出資(その会社が有する自己の株式又は出資を除く。)の総数又は総額の百分の五十を超える数又は金額の株式又は出資を有する場合その他政令で定める場合におけるその会社をいう。— 法人税法2条10号(e-Gov 法令検索)

「3人以下」は、株主1人とその同族関係者をひとまとまりにした株主グループの3つまでという意味です。判定の物差しは3つあり、どれか1つで50%を超えれば同族会社です。

物差し分母根拠別表二の欄
株式数・出資の金額発行済株式の総数・出資の総額(自己株式・自己の出資を除く)法人税法2条10号1〜3
議決権の数(事業譲渡・解散・合併など、役員の選任・解任、役員報酬、剰余金の配当のいずれかの決議の議決権)議決権の総数(行使できない株主の議決権を除く)施行令4条5項・3項2号イ〜ニ4〜6
社員の数(合名会社・合資会社・合同会社。業務執行社員を定めた場合はその社員)社員の総数施行令4条5項7〜9

上位3グループは、持株の多い順に選ぶ必要はありません。法人税基本通達1-3-5は「必ずしもその株式若しくは出資の所有割合又は議決権の所有割合の大きいものから順にその判定の基礎となる株主等を選定する必要はない」とし、選び方を変えて同族会社になるなら同族会社に当たるとしています。株主グループどうしが重ならなければ、多い順の3グループで判定すれば足ります。ただし、個人株主の使用人や生計を維持している人のように複数の株主に結びつく人がいてグループが重なるときは、組み合わせを変えて確かめます。

株式数では50%以下でも、無議決権株式などの種類株式を発行している会社や、議決権を行使できない株主がいる会社は、議決権でも判定します(法人税基本通達1-3-1)。合同会社などの持分会社は、出資の金額と社員の数で判定します(社員の数の欄は、出資の金額などで同族会社に当たれば書かなくてよいとされています)。中小企業では、代表者とその家族で過半数を持つ会社がほとんど同族会社に当たります。

同族関係者の範囲:個人と会社

同族関係者になる個人(施行令4条1項)

  • 株主等の親族
  • 株主等と婚姻の届出をしていないが、事実上婚姻関係と同様の事情にある人
  • 個人の株主等の使用人
  • 上の3つ以外で、株主等から受ける金銭その他の資産で生計を維持している人
  • 上の最初の3つの人と生計を一にする、その人の親族

「生計を維持しているもの」は、株主から受ける金銭などを日常生活の資の主要部分としている人(法人税基本通達1-3-3)、「生計を一にする」は日常生活の資を共通にしていることで、同居していなくてもよいとされています(同1-3-4)。

同族関係者になる会社(施行令4条2項・3項)

株主等の1人(個人のときはその同族関係者を含む)が、他の会社の発行済株式(自己株式を除く)の50%超を持つ、議決権のいずれかの50%超を持つ、または持分会社の社員の過半数を占めるとき、その会社は同族関係者です。その会社とあわせて50%超を持つ別の会社も同族関係者になり、さらにその先へとつながります(4条2項2号・3号)。代表者が100%を持つ資産管理会社が株主にいる場合、その会社の持株は代表者のグループに入れます。国税庁の留意点も、チェックポイントとして次のように書いています。

同族判定株主の同族関係者である法人の持株を除外して同非判定を行っていませんか。— 国税庁「法人税申告書の作成上の留意点(令和7年版)」別表二

名義株と、議決権の行使に同意している人

株主等は株主名簿・社員名簿・定款に記載された人によりますが、名義だけで実際の権利者がほかにいる場合は、実際の権利者を株主等とします(法人税基本通達1-3-2)。設立時に名前を借りた株主がそのまま残っている会社は、実態を確かめてから別表二を書きます。

また、契約・合意などで、ある人の意思と同じ内容の議決権を行使することに同意している人の議決権は、その人が持つものとみなします(施行令4条6項)。取引や人事の関係が深いことや、過去に同じ内容で議決権を行使してきたことだけでは、同意している人には当たりません(法人税基本通達1-3-7の注)。

別表二の書き方と記入例

別表二は、上の欄が「同族会社の判定」(1〜10欄)、中段が「特定同族会社の判定」(11〜17欄)と「判定結果」(18欄)、下が「判定基準となる株主等の株式数等の明細」です。主な欄は次のとおりです。

欄書くこと
1 期末現在の発行済株式の総数又は出資の総額自己株式を含めた総数を本書に、自己株式の数を内書きする。3欄・12欄はこの内書きを引いて計算する(記載の仕方2)
2 (19)と(21)の上位3順位の株式数又は出資の金額上位3グループの合計(被支配会社でない法人株主等の19欄も含める)
3 株式数等による判定(2) ÷ (1)(自己株式を除いた数)
4〜6 議決権議決権に関して内容の異なる種類株式を発行していなければ書かない(記載の仕方3)。ただし、子会社が持つ親会社株式など議決権を行使できない株主がいるときは、4欄の本書に行使できない議決権を含む総数、内書にその数を書き、6欄・14欄は内書を引いて計算する(作成上の留意点、法人税基本通達1-3-6)
7〜9 社員の数持分会社だけ。出資の金額や議決権で同族会社・特定同族会社に当たれば書かなくてよい(記載の仕方5)
10 同族会社の判定割合(3)、(6)、(9) のうち最も高い割合
11〜17 特定同族会社の判定21欄・22欄(その他の株主等)の上位1グループで判定し、19欄・20欄は使わない。資本金1億円以下の会社(大法人の完全子会社などを除く)と清算中の会社は書かない(記載の仕方7)
18 判定結果1(特定同族会社)・2(同族会社)・3(非同族会社)のいずれか。17欄が50%超なら特定同族会社、17欄が50%以下(書かない場合を含む)で10欄が50%超なら同族会社、10欄が50%以下なら非同族会社
明細(19〜22)株主グループごとに、持株の多い順に書く。19・20は被支配会社でない法人株主等、21・22はその他の株主等。続柄は様式の注の番号(本人01、配偶者02、長男07 など)

明細は、「その他の株主等」の21欄・22欄に書いたグループが3つになれば、残りのグループは書かなくてよいとされています。筆頭株主が非同族会社でも1グループとして書きます(留意点)。

記入例1: 株主グループでまとめると同族会社になる会社(資本金1,000万円・種類株式なし)

発行済株式 1,000株、うち自己株式 100株。株主は、甲野太郎 150株・妻の花子 60株・長男の一郎 40株、乙川次郎 100株・乙川が60%を持つ乙川商事株式会社 50株、丙山三郎 60株、丁田四郎 50株、ほか13人が30株ずつ(390株)。

順位株主グループ株式数割合(900株に対して)
1甲野太郎(本人01)・花子(配偶者02)・一郎(長男07)25027.8%
2乙川次郎(本人01)・乙川商事株式会社(その他90)15016.7%
3丙山三郎606.7%
欄記入計算
11,000(内 100)自己株式を含めた総数
2460250 + 150 + 60
351.1%460 ÷(1,000 − 100)= 0.5111…
4〜6・7〜9・11〜17—種類株式なし・株式会社・資本金1億円以下なので書かない
1051.1%(3)
18同族会社10欄が50%超

個人ごとに上位3人(150 + 100 + 60 = 310株、34.4%)で見ると非同族会社になり、自己株式を分母から引かずに 460 ÷ 1,000 = 46.0% とすると、これも非同族会社になります。どちらも誤りで、この会社は同族会社です。

記入例2: 株式数では50%以下でも、議決権で同族会社になる会社

発行済株式 1,000株のうち 600株が無議決権株式(投資家6人が100株ずつ)、議決権のある株式 400株を甲野 200株、乙川 100株、丙山 50株、丁田 50株で持つ(4人は互いに同族関係者でない)。

欄記入計算
2・3400・40.0%上位3グループの株式数 200 + 100 + 100(投資家1人)
4400議決権の総数
5・6350・87.5%上位3グループの議決権 200 + 100 + 50
10・1887.5%・同族会社(3) と (6) の高い方

株式数の上位3グループと議決権の上位3グループは、別々に選びます。種類株式の内容の明細は別紙に書いて添付します(記載の仕方4⑷)。

特定同族会社と留保金課税(別表三(一))

対象になる会社

特定同族会社は、株主等の1人とその同族関係者で50%超を持つ被支配会社のうち、判定の基礎になった株主等から被支配会社でない法人を除いても被支配会社になる会社です(法人税法67条1項・2項)。条文は、資本金1億円以下の会社を次のように限っています。

資本金の額又は出資金の額が一億円以下であるものにあつては、前条第五項第二号から第五号までに掲げるもの及び同条第六項に規定する大通算法人に限る。— 法人税法67条1項(e-Gov 法令検索)
会社留保金課税
資本金1億円以下の会社対象外(平成19年4月1日以後に開始する事業年度から)
資本金1億円以下でも、資本金5億円以上の法人など大法人による完全支配関係がある会社、複数の大法人に完全支配されている会社、投資法人・特定目的会社、大通算法人(66条5項2号〜5号・6項)対象(大法人の完全子会社は平成22年4月1日以後に開始する事業年度から)
資本金1億円超の会社対象
清算中の会社対象外

判定は事業年度終了の時の現況によります(67条8項)。期中に増資して資本金が1億円を超えた会社は、その事業年度から対象になります。改正の時期は財務省「平成19年度 税制改正の解説」「平成22年度 税制改正の解説」によります。

計算の流れ

当期留保金額 = 留保所得金額(別表四 52の②)+ 前期末配当等の額 − 当期末配当等の額 − 法人税額等(法人税・地方法人税・防衛特別法人税 + 住民税額) 課税留保金額 = 当期留保金額 − 留保控除額 [千円未満切捨て] 留保控除額 = 次のうち最も多い額  ① 所得等の金額 × 40%  ② 年2,000万円  ③ 資本金 × 25% − 期末利益積立金額(当期の所得等の金額に係る部分を除く) 特別税率 = 年3,000万円以下 10%、年3,000万円超1億円以下 15%、年1億円超 20%

住民税額は、法人税額から税額控除額を引いた額の 10.4% です(施行令139条の10第1項)。1年未満の事業年度は、3,000万円・1億円・2,000万円を月数で按分し、1月未満の端数は1月にします(67条6項・7項)。課税留保金額の千円未満の端数は切り捨てます(法人税基本通達16-1-8(1))。1年未満の事業年度で年1億円相当額に千円未満の端数が出るときも切り捨てますが、切り捨てる端数が課税留保金額で切り捨てる端数より多いときは切り上げます(同(2))。

法人税額等に防衛特別法人税の額を含めるのは、防衛特別法人税(令和8年4月1日以後に開始する事業年度から)を定めた「我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法」が法人税法67条3項を読み替えているためで、別表三(一)の12欄の式もそうなっています。③の期末利益積立金額は、期中の配当による減少や、前期以前に加算した償却超過額などを当期に認容したことによる増減を「当期の所得等の金額に係る部分」として除くので、多くの場合は期首の利益積立金額と同じ額になります(法人税基本通達16-1-6)。利益積立金額がマイナスなら、資本金の25%にマイナスの額を足した額が③です(同16-1-7)。

当期末配当等の額は、基準日が当期中にあり、当期の終了後から決算確定の日までに決議した期末配当です(67条4項)。この配当は基準日の事業年度の留保金額から引き、翌期の別表三(一)では前期末配当等の額(10欄)として足し戻します。国税庁の留意点は、株主資本等変動計算書の当期中の支払配当をそのまま書いていないかを確かめるよう求めています。

計算例3: 資本金2億円・代表者グループが60%を持つ会社(令和8年4月1日〜令和9年3月31日)

所得金額 100,000,000円(受取配当等の益金不算入などの調整はなく、所得等の金額も 100,000,000円)。当期中に前期末を基準日とする配当 15,000,000円の効力が生じて支払い(別表四の1の「配当」として社外流出)、交際費等の損金不算入額 5,000,000円(社外流出)がある。別表四の留保所得金額(52の②)は 100,000,000 − 15,000,000 − 5,000,000 = 80,000,000円。当期末を基準日とする配当 20,000,000円を決算後に決議。税額控除はない。期首の利益積立金額は 3億円。

別表三(一)の欄金額計算
9 留保所得金額80,000,000別表四 52の②
10 前期末配当等の額15,000,000前期の別表三(一)の11欄
11 当期末配当等の額20,000,000決算後に決議した期末配当
12 法人税額、地方法人税額及び防衛特別法人税額の合計額26,317,600法人税 100,000,000 × 23.2% = 23,200,000、地方法人税 23,200,000 × 10.3% = 2,389,600、防衛特別法人税(23,200,000 − 5,000,000)× 4% = 728,000
13 住民税額2,412,80023,200,000 × 10.4%
15 法人税額等の合計額28,730,400(12) + (13)
19 当期留保金額46,269,60080,000,000 + 15,000,000 − 20,000,000 − 28,730,400
20 留保控除額40,000,000所得基準額 100,000,000 × 40% = 40,000,000、定額基準額 20,000,000、積立金基準額 0(資本金の25% = 5,000万円を利益積立金額が上回る)の最も多い額(付表一 34)
21 課税留保金額6,269,00046,269,600 − 40,000,000 = 6,269,600 → 千円未満切捨て
5・8 税額626,9006,269,000 × 10%(全額が年3,000万円以下の部分)

626,900円は別表一の法人税額に加算され、加算後の法人税額をもとに地方法人税・防衛特別法人税も計算します。外国関係会社等の控除(14欄)、通算法人の加算・控除(16・17欄)、他の法人の株式の帳簿価額から減算される金額(18欄)は、この例では0です。所得金額が0の事業年度でも、受取配当等の益金不算入額や繰越欠損金の控除額があれば所得等の金額が生じ、留保金課税がかかることがあります(留意点)。

同族会社に当たると変わること

項目同族会社の扱い根拠
使用人兼務役員持株の要件を満たす役員は使用人兼務役員になれない(使用人分の給与も役員給与)施行令71条1項5号
みなし役員持株の要件を満たし、経営に従事している使用人は役員とみなす施行令7条2号
業績連動給与同族会社以外の法人による完全支配関係がある会社でなければ使えない法人税法34条1項3号
事前確定届出給与同族会社に該当しない法人が定期給与のない役員に金銭で支給する給与は届出が要らないが、同族会社はこの場合も届出が必要法人税法34条1項2号イ
行為計算の否認法人税の負担を不当に減少させる行為・計算は、税務署長が否認できる。判定はその行為・計算の時の現況法人税法132条
法人事業概況説明書「代表者に対する報酬等の金額」の欄を書く法人事業概況説明書の記載要領

使用人兼務役員になれない役員(持株の3要件)

代表取締役、副社長・専務・常務など、合名会社・合資会社・合同会社の業務執行社員、監査役などは、持株にかかわらず使用人兼務役員になれません(施行令71条1項1号〜4号)。これらに当たらない同族会社の役員で、次の3つをすべて満たす人も使用人兼務役員になれません。所有割合は、同族会社に当たった物差し(株式数・議決権・社員の数)で計算します(施行令71条3項)。

  1. 株主グループを所有割合の多い順に並べ、第1順位だけで、または第2順位・第3順位までを足して初めて50%を超えるときの、そのいずれかのグループに属している
  2. その役員の属する株主グループの所有割合が10%超
  3. その役員本人(配偶者と、これらの人で50%超を持つ会社を含む)の所有割合が5%超

記入例1の会社で、花子が工場長を兼ねる取締役だとします。第1〜第3順位を足して初めて50%を超える(27.8% → 44.4% → 51.1%)ので甲野グループは1の要件に当たり、グループの割合 27.8% は10%超、花子本人と配偶者の太郎の持株は 210株(23.3%)で5%超です。花子は使用人兼務役員になれず、工場長としての給与も役員給与になります。一方、長男の一郎は本人の持株 40株(4.4%)で配偶者の持株もなければ3の要件に当たらず、ほかの要件を満たせば使用人兼務役員になれます。丙山は自分のグループが 6.7% で2の要件に当たりません。役員給与の損金算入の要件は 損金になる役員報酬の3種類で解説しています。

実務で間違えやすい点

1. 自己株式を分母から引かない

1欄の本書は自己株式を含めた総数で書き、自己株式は内書きします。3欄はその内書きを引いた数で割ります。国税庁の留意点も「「1」の本書には、その自己の株式の数又は出資の金額を含む発行済株式の総数又は出資の総額を記載することになりますので、ご注意ください」としています。記入例1のように、割合の計算で引き忘れると50%を下回ることがあります。

2. 株主を個人ごとに数える

親族・資産管理会社・名義株をグループにまとめずに判定すると、同族会社を非同族会社と誤ります。親族が別々の苗字の場合や、代表者の会社が株主になっている場合は特に確かめます。株主名簿の名義人が実際の権利者でない株があれば、実際の権利者で数えます。

3. 資本金1億円以下なのに留保金課税を計算する、または大法人の完全子会社で計算しない

資本金1億円以下の会社は、特定同族会社の判定の欄(11〜17)を書かず、別表三(一)も作りません。ただし資本金5億円以上の法人の100%子会社や大通算法人は、資本金1億円以下でも対象です。親会社の資本金や株主構成の変化は、毎期確かめます。

4. 被支配会社でない法人株主の欄を使わない

筆頭株主が上場会社などの被支配会社でない法人(非同族会社など)の場合、その持株は19欄・20欄に書きます。同族会社の判定(2欄)は19欄と21欄を合わせて行いますが、特定同族会社の判定(11欄・13欄)は21欄・22欄の上位1グループだけで行うので、被支配会社でない法人の子会社は、同族会社でも特定同族会社にならないことがあります。

5. 当期末配当等の額に、当期に支払った配当を書く

別表三(一)の11欄は、当期末が基準日で決算後に決議した配当です。当期中に支払った前期末基準の配当は、前期の11欄で引いているので当期は10欄で足し戻します。

6. 同族会社であることを役員の判定に反映していない

役員の家族が「部長」「工場長」として使用人給与を受けている場合、持株の要件で使用人兼務役員になれない、またはみなし役員に当たると、賞与が役員給与として損金不算入になることがあります。別表二と役員の名簿を並べて確かめます。

申告前の確認リスト

  • 期末現在の株主名簿・社員名簿を入手し、名義株・同意して議決権を行使する人がいないか確かめた
  • 親族・事実婚・個人株主の使用人・生計を維持している人と、50%超を持つ会社をグループにまとめた
  • 1欄に自己株式を含めた総数と自己株式の内書きを書き、3欄は自己株式を除いて計算した
  • 種類株式があれば議決権でも判定し、種類株式の内容を別紙で添付した
  • 資本金1億円超、または大法人の完全子会社・大通算法人なら、特定同族会社の判定(11〜17欄)と別表三(一)・付表一を作った
  • 別表三(一)の10欄・11欄の配当が、前期の11欄・決算後の配当決議と一致している
  • 同族会社の場合、役員の家族の使用人給与・賞与が使用人兼務役員・みなし役員の判定と合っている。法人事業概況説明書の代表者の欄を書いた

同族会社の判定は、別表四・別表五(一)の作成より前に済ませます。続けて 別表四の加算項目と 別表五(一)の書き方、税率と税額の見積りは 法人税の解説と 法人税の計算ツール、法人事業概況説明書の代表者の欄は 主要科目と代表者に対する報酬等の金額で確かめられます。役員報酬の額の検討には 役員報酬の最適額ツール、決算前の確認には 決算前チェックリストを使えます。

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  • 株主グループ(本人と同族関係者を同じグループにする)・株式数・議決権を入れると、上位3グループの株式数と議決権の両方で同族会社かどうかを判定し、別表二を作ります。50%ちょうどは非同族会社です
  • 合同会社などの持分会社は、出資の金額と社員の数で判定します
  • 株主の持株数の合計が発行済株式の総数を超えているなど、名簿の入力の誤りを画面に表示します
  • 資本金1億円超で1グループが50%超の会社は特定同族会社と表示します(被支配会社でない法人株主を除いた判定と、大法人の完全子会社などの判定はしません)。留保金額に対する税額(別表三(一))は計算しないので、その旨を確認事項として表示します。大法人の完全子会社・大通算法人に当たるか、被支配会社でない法人株主がいるかは利用者が確かめます

同族関係者の範囲・名義株・役員の判定と申告内容の確定は、税理士・経理担当者が行います。会計・申告・帳簿の機能は無料(期限なし)。AIの機能には有効なAI枠が必要で、登録でAI枠100枚つき(1か月有効)・クレジットカード不要。

よくある質問

同族会社とはどんな会社ですか?

株主等の3人以下とその同族関係者(株主グループ3つまで)が、自己株式を除いた発行済株式の50%を超えて持つ会社です。議決権のいずれかの50%超、持分会社では社員の過半数を占める場合も同族会社です(法人税法2条10号、同施行令4条5項)。50%ちょうどは当たりません。

同族関係者には誰が含まれますか?

株主の親族、事実婚の相手、個人株主の使用人、株主から受ける金銭などで生計を維持している人、それらと生計を一にする親族です。株主グループで50%超を持つ会社なども含みます(施行令4条1項〜3項)。

自己株式は別表二でどう書きますか?

1欄の本書に自己株式を含めた発行済株式の総数を書き、自己株式の数を内書きします。3欄・12欄の割合は、内書きを1欄から引いた数で割って計算します(別表二の記載の仕方2)。

議決権の欄はいつ書きますか?

議決権に関して内容の異なる種類株式を発行している場合です。発行していなければ4〜6欄・13欄・14欄・20欄・22欄は書きません(別表二の記載の仕方3)。ただし、子会社が持つ親会社株式など議決権を行使できない株主がいるときは、4欄に行使できない議決権の数を内書きし、6欄・14欄はそれを引いて計算します(作成上の留意点)。

中小企業にも留保金課税はかかりますか?

事業年度終了の時の資本金が1億円以下の会社にはかかりません。ただし、資本金5億円以上の法人などによる完全支配関係がある会社や大通算法人などは、資本金1億円以下でも対象です(法人税法67条1項・8項)。

留保控除額はどう計算しますか?

所得等の金額の40%、年2,000万円、期末利益積立金額(当期の所得等の金額に係る部分を除く)が資本金の25%に満たない部分のうち、最も多い額です(法人税法67条5項)。1年未満の事業年度は2,000万円を月数で按分します。

同族会社だと役員の扱いはどう変わりますか?

持株割合の3つの要件(上位グループに属する・グループの割合10%超・本人と配偶者の割合5%超)をすべて満たす役員は使用人兼務役員になれず、同じ要件を満たして経営に従事する使用人はみなし役員になります(施行令7条2号・71条1項5号)。

出典

更新履歴

  • 2026/11/12: 公開

この記事は公表された法令・通達・国税庁などの資料にもとづく一般的な解説で、個別の税務相談に代わるものではありません。制度・料率は改定されることがあります。実際の申告・納付・給与計算では最新の資料をご確認のうえ、専門家にご相談ください。

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